1) Temperatur
Bei der Herstellung von fermentierten Lebensmittel ist vor allem die Regulierung der Temperatur sehr wichtig. Die ideale Temperatur ist bei jedem Schimmelpilz und jeder Hefe unterschiedlich. Diese ideale Temperatur sollte während der Fermentierung möglichst gleichmäßig sein. Eine elektrische Heizdecke ist dafür eine gute Möglichkeit, denn man kann die gewünschte Wärme auf einer Temperaturskala (genau) einstellen.   Eine Heizdecke von Montiss hat z.B. eine Temperaturskala mit 9 Stufen und einen Zeitschalter mit einer Skala von einer bis 12 Stunden. (Die Koji-Reis-Herstellung dauert etwa 48 Stunden. Daher darf man nicht vergessen, den Zeitschalter der Heizdecke jeweils nach spätestens 12 Stunden aus- und wieder einzuschalten, damit die Wärme noch weiter erzeugt wird.) Schwankt die Temperatur, kann es sein, dass sich der Koji-Schimmelpilz nicht gut vermehren kann. Es besteht auch das Risiko, dass andere lebendige Bakterien ― z.B. Natto-kin (Bacillus subtilis var. natto)  ― sich vermehren und dem Koji-Schimmelpilz entgegenwirken können.

2) Feuchtigkeit
Beim Koji-Schimmelpilz liegt die ideale Luftfeuchtigkeit bei ca. 90 %. Falls es mit der Fermentierung des Koji-Schmmels nicht klappt, sollte man die Temperatur und die Luftfeuchtigkeit noch einmal überprüfen.

3) Luftzufuhr
Koji-Schimmelpilz braucht Luftzufuhr, um sich zu vermehren, so wie der Hefepilz bei der Gärung von Sake. Bei der Reifung von Mirin wird keine Luftzufuhr benötigt. Man sollte darauf achten, dass die nötige Luftzufuhr zur Fermentierung und Gärung zur Verfügung steht.

4) Sterilisation
Gefäße sowie Kochutensilien sollten vor der Herstellung von fermentierten Lebensmitteln immer gründlich gewaschen und desinfiziert werden. Wegen der hohen Temperatur und Feuchtigkeit ist das Risiko größer, dass sich andere unerwünschte Bakterien während der Fermentierung vermehren und Lebensmittel verderben können.

Beginnt das Essen, einen unangenehmen Geruch zu entwickeln, sollte man es besser entsorgen. (Bei Natto ist das nicht der Fall. Es gibt auch fermentierte Lebensmittel, die einen sehr strengen Geruch entwickeln.)

Als Desinfektionsmittel benutze ich normalerweise 70-prozentiges Ethanol aus der Apotheke.
Dies kann man in eine saubere Sprühflasche geben und die Kochutensilien damit behandeln. Wenn das Ethanol verdunstet ist, ist die Reinigung abgeschlossen.

Einmachgläser können zur Sterilisation grundsätzlich im Wasserbad gekocht werden. Bei mir gingen Einmachgläser aber schon zweimal kaputt, obwohl sie zuerst im kalten Wasser gebadet und dann langsam erhitzt wurden. Daher verwende ich lieber Ethanol.

Im Prinzip kann auch Chlor als Desinfektionsmittel verwendet werden. Allerdings empfiehlt sich dies nicht. Ich kenne jemanden, der aus Früchten gerne selbst Hefe zum Brotbacken herstellt. Er hat einmal Glasgefäße mit Chlor sterilisiert und sie zur Hefe-Herstellung verwendet. Nur dieses Mal klappte es mit der Backhefe-Herstellung nicht, obwohl das Chlor natürlich komplett abgewaschen wurde.
Es könnte sein, dass sich sensible Hefe und Schimmelpilze aus irgendeinem Grund nicht vertragen.

5) Hygiene beachten
Falls man eine Wunde an der Hand hat, darf man nicht mit bloßen Händen Zutaten, die fermentiert werden, anfassen. Statt dessen sollte man Einweghandschuhe verwenden. Im Allgemeinen empfiehlt es sich nicht, Lebensmittel zuzubereiten, wenn man nicht körperlich gesund ist.